O Instituto Ciência Nativa está localizado em Caraguatatuba, no litoral norte de São Paulo, em uma área verde e arborizada de 3 mil metros quadrados, cercada pelas montanhas da Serra do Mar e pela exuberância da Mata Atlântica — uma localização que combina o fácil acesso à tranquilidade de uma zona rural.

O espaço conta com área de camping, cozinha e banheiros coletivos, um salão destinado às cerimônias, além de áreas dedicadas à agrofloresta, horta e lago, com diferentes cantos de descanso e integração em meio à natureza.

A hospedagem é realizada em área de camping, junto à floresta, oferecendo uma imersão mais profunda com o reino vegetal e o ambiente natural.

O Instituto Ciência Nativa está a 16 km (~20 min) da Rodoviária de Caraguatatuba/SP; 170 km (~2 h) do Aeroporto de Guarulhos/SP; 183 km (~2h30) da Rodoviária do Tietê/SP; e 375 km (~6 h) da Rodoviária Novo Rio/RJ. O acesso local, ao sair da Rodovia dos Tamoios (SP-099), se dá por uma trecho de 1 km em estrada de terra em boas condições de tráfego.